Si bien las conexiones Bluetooth tienen la ventaja de que son automáticas e inalámbricas, tienen la desventaja de que sus datos son vulnerables a la intercepción junto con cualquier otro dato enviado en ondas de radio de baja potencia. Además del riesgo de que otras personas puedan recibir su información confidencial, también pueden enviarle archivos o virus que no le interesan en absoluto.
Se pueden incorporar diferentes funciones de seguridad en los dispositivos habilitados para Bluetooth, y la mayoría tiene la capacidad de intercambiar datos con "dispositivos confiables" sin tener que pedir permiso. Cuando los dispositivos desconocidos intentan conectarse al dispositivo de un usuario, el usuario puede decidir si permite o deniega el acceso. Algunas medidas de seguridad que se pueden utilizar son los procedimientos de autorización e identificación, que requieren que el usuario decida conscientemente si abre un archivo o acepta los datos que se le ofrecen. Alternativamente, el usuario puede optar por cambiar el modo Bluetooth a "no detectable".
Algunos problemas de seguridad de Bluetooth incluyen bluebugging, en el que los piratas informáticos pueden usar un teléfono habilitado para Bluetooth que pertenece a otra persona para realizar llamadas y enviar mensajes de texto sin que el propietario lo sepa. Bluejacking es el envío de un mensaje de texto a otros usuarios de Bluetooth cercanos que luego agregan al remitente a sus libretas de direcciones como contacto. Este contacto puede enviar otros mensajes dañinos que podrían abrirse automáticamente, ya que se envían desde un contacto ya aceptado. Aunque los fabricantes de dispositivos habilitados para Bluetooth intentan mantenerse al día con los problemas tecnológicos y ofrecen actualizaciones de firmware para resolver los problemas, a veces están uno o dos pasos por detrás de los piratas informáticos. Usuarios de Bluetooth, ¡cuidado!